Realizará las investigaciones paleontológicas requeridas para el conocimiento geológico del territorio nacional y sus aplicaciones en la actualización de la Carta Geológica Nacional y el trabajo de otras direcciones de línea. Para tal propósito, el personal estará sujeto a los procedimientos de aplicación estratigráfica (biozonas y cronoespecies), paleobiológica (enlaces filéticos y evolutivos) y paleoambientales (ecología y cuencas sedimentarias) que correspondan.
Para el seguimiento y desarrollo de las tareas, el Área de Paleontología se ha dividido en dos secciones: 1) Micropaleontología y 2) Macropaleontología, cada una con tres campos de aplicación: a. Paleobotánica, b. Paleozoología de invertebrados y c. Paleozoología de vertebrados.
La estructura que presenta se proyecta a investigaciones paleontológicas de alta resolución para las precisiones cronoestratigráficas que se requiera, la relación vertical de las especies reconocidas en un marco evolutivo y la reconstrucción paleogeográfica como parte de los estudios de facies sedimentaria.